LEVITAÇÃO

Através do testemunho de várias pessoas contemporâneas de Anchieta, sabe-se que a levitação do santo era um fato corriqueiro quase não despertando sustos na população. Era comum ele rezar missas levitando.

Levitar, entretanto, não era algo comum entre os índios. Alias, foi essa proeza, que uma vez o salvou dos perigosos tamoios, quando foi feito refém em Iperoig (onde hoje é Ubatuba), enquanto o padre Nóbrega tentava um pacto com os tupis. O chefe dos tamoios, Pindobuçu, vendo-o elevar-se do chão, atemorizou-se e, na dúvida sobre que espíritos, bons ou maus, estariam dando-lhe forças para tal, preferiu não arriscar, poupando-lhe a vida. 

RESSUSCITOU MORTOS

"Ele ressuscitou mortos. Sabe-se de pelo menos seis pessoas revisitadas pelo padre Anchieta embora fugisse disso alegando sempre: 'Não vim como medico'. Conta-se que uma menina havia morrido, deixando seus pais desconsolados. O padre Anchieta chega, vai até o seu cadáver e diz-lhe: “Minha filha, tu estás querendo roubar o paraíso facilmente. Volta e luta”. Imediatamente, a menina ressuscita.
Também existe a famosa história do índio Diego, que todos achavam que era batizado, por guardar os mandamentos e dizer-se cristão. Mas, após morrer sem o sacramento, durante o seu enterro, ele se levanta e pede a uma senhora que vela o seu corpo que chame o padre Anchieta, a fim de ser batizado. O apóstolo chega, batiza-o e ele morre novamente.

PADRE JOSÉ DE ANCHIETA FICA MEIA HORA EMBAIXA D'ÀGUA REZANDO.

Certa ocasião, o beato navegava pelo rio Tietê quando seu barco naufragou. Diz a história que o barqueiro que o conduzia, após vários mergulhos, encontrou-o no fundo da água, calmo, sentado e lendo o catecismo, e rezando. De acordo com a biografia escrita por Pero Rodrigues, contemporâneo do beato, ele ficou submerso coisa de meia hora."

SUA PREGAÇÃO É OUVIDA A QUILÔMETROS DE DISTÂNCIA

Quando Anchieta se encontrava em Bertioga várias pessoas ouviram sua voz, em pregação, num momento em que ele estava a várias dezenas de quilômetros distante do local. 

UM CLARÃO DURANTE SUA PREGAÇÃO

Numa missa, na presença de muitos fiéis, durante a pregação, o padre caiu de joelhos. Neste exato momento, um imenso clarão iluminou o templo  e chegou a assustar aos que estavam na Igreja de Nossa Senhora de Itanhaém.

FAZ PESCADORES ACHAR PEIXES

Um dos casos de premonição, ou adivinhação, mais conhecidos do santo é o da falta de peixes na Bahia. Os peixes estavam cada vez mais escassos e os pescadores começavam a passar necessidade. Anchieta então chamou um deles e mostrou-lhe o lugar onde deveria jogar sua rede. Num único lançamento o pescador tirou tantos peixes que não só supriu suas necessidades e as dos missionários como pode repartir a sobra entre os pobres.

LIA PENSAMENTOS E CONVERSAVA COM ANIMAIS SELVAGENS

São inúmeros os depoimentos de pessoas que afirmam que o padre lia pensamentos. Existem vários relatos que afirmam a existência de conversas entre o missionário e animais selvagens, como cobras e onças no cativeiro.